广西水牛研究所水牛遗传繁殖研究室，成立于1994年。目前拥有科研人员16人。研发平台比较完善，总面积达500多平方米，拥有各种仪器设备40多台套。2010年12月被认定为第三批区重点实验室，定名为“广西水牛遗传繁育重点实验室”，2011年9月又被农业部批准认定为“农业部水牛遗传繁育技术重点实验室”。
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乳品加工研究室成立于1998年，现有科研人员8人。配备有理化特性测定及产品开发所需的多项设备。研究室人才队伍和设备条件正在逐年完善。
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广西水牛研究所动物营养研究室目前拥有科技人员9人。实验室总面积达400多平方米，拥有各类仪器设备30多台（套)。目前，实验室主要开展水牛常规营养、瘤胃微生物分析及水牛营养代谢与调控等方面的研究。
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分子生物学研究室是我所在开展学科建设改革后新增加针对水牛基因改良研究而新设立的研究室。研究室现有科技人员6人，拥有仪器设备60多台（套）。目前，研究室主要开展水牛分子生物学研究。
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